Para el año 1947, jóvenes entusiastas y autodidactas de la paleontología y con un excelente legajo arqueo-paleontológico ilustrado por Francisco Muñiz, Herman Burmeister, Francisco Moreno, Florentino y Carlos Ameghino, hicieron historia al colocar los cimientos intelectuales y materiales del actual Museo Municipal de Ciencias Naturales “Carlos Ameghino” en la ciudad de Mercedes. En este grupo se encontraban José Fernando Bonaparte, Juan Arnaldo Pisano, Rodolfo Capaccio, Albor Ungaro, Aníbal Cueto e Italo y Octimio Landi. La tradición paleontológica en la región pampeana fue fundamental para que este grupo de jóvenes realice excavaciones fructíferas en diversos puntos de la cuenca del río Luján y otras áreas bonaerenses. Esta colección dio pie a la fundación del entonces llamado Museo Popular de Ciencias Naturales “Carlos Ameghino”, con sede en la Casa del Pueblo del Partido Socialista, en octubre de 1947. Inmediatamente, entablaron correspondencia con numerosas instituciones y científicos reconocidos mundialmente para obtener apoyo y bibliografía, se realizaban conferencias para la divulgación de sus actividades, y tal vez uno de los puntos más sobresalientes fue el inicio en 1949 de una serie de publicaciones de trabajos científicos, editados desde su propio museo.
En 1951, la Biblioteca Popular Domingo Faustino Sarmiento de Mercedes les proporciona un salón para la exhibición de las piezas arqueo-paleontológicas, y recién en 1965, se oficializa desde la municipalidad el Museo Municipal de Ciencias Naturales, en el edificio de calle 26 Nº 512, donde continúa actualmente.
En 1959, José F. Bonaparte se incorpora a la Fundación Miguel Lillo de la Universidad Nacional de Tucumán, donde comienza su incansable labor en el estudio de fósiles de vertebrados Mesozoicos, y debido a su enorme trayectoria de estudios y descubrimientos, principalmente en Argentina y Brasil, ganó el apelativo de “Amo de la era Mesozoica”. Después del repentino fallecimiento de su director Juan Pisano, el Museo en Mercedes continúa su labor con la coordinación de Jorge Petrocelli, quién además desarrolla una intensiva labor arqueológica.
